Merkez Laboratuarı Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Bilim ve Teknoloji Uygulama ve Araştırma Merkezi bünyesinde faaliyet göstermektedir. Merkez Laboratuarı kendi binasında üniversitemiz, diğer kamu kuruluşları ve halkımıza hizmet vermektedir. 2010 yılında DPT tarafından desteklenen projesi ile alt yapısını ve teknolojik cihaz kapasitesini her gün daha da ileri seviyelere taşımaktadır. Merkezimizde su-atık su ful parametre analizleri, Katı-sıvı yakıt analizleri, ağır metal analizleri ve gıda maddelerindeki zirai pestisit kalıntılarının analizleri yapılmaktadır. Merkezimizde; iyon kromatografisi, karbon-kükürt analizörü, spektrofotometre, parlama noktası tayin cihazı, GC-MS, LC-MSMS, ICP-OES gibi teknik cihazlar bulunmaktadır. Yakın zamanda ise NMR, SEM ve TEM cihazlarının ise alım işlemleri devam etmekte olup en kısa zamanda bu cihazlarda faaliyete geçecektir.